54-ти пехотен Битолски полк е формиран през септември 1912 г. от две дружини на 33-ти пехотен Свищовски полк и две дружини на 34-ти пехотен Троянски полк.
Подчинен е на 9-та пехотна Плевенска дивизия. Полкът получава знамето на Еленската № 21 пеша дружина. То е дарено от жителите на Еленски окръг през 1880 г. След 30 август 1881 г. знамето е съхранявано в двореца.
В Балканската война (1912 – 1913 г.) полкът участва в щурма на Одринската крепост на Източния сектор (1913 г.). През май 1913 г. първите две дружини на полка и знамето формират 62-ри полк. Воюва при Петерлаш, Славена и Черни връх, Царибродско. През август 1913 г. 62-ри полк, заедно със знамето си, формира 38-ми пехотен полк, който е на временен гарнизон в Мехомия, а на 3 декември полкът се завръща в Кърджали и се разформирова. През септември 1915 г. полкът е формиран отново в гр. Самоков. Влиза в състава на 3-та пехотна бригада от 7-ма пехотна Рилска дивизия.